Проектът МС-21 е разработен с използване на наработки от ОКБ „Яковлев“ за перспективен самолет, чийто предварителен проект предвиждал дълбока модернизация на самолета Як-42 и първоначално носел името „Як-42М с два двигателя ПС-90А12“. Работното проектиране на Як-242 се е водило през периода 1993–1995 г., но след това било спряно поради прекратяване на финансирането.
През 2009 г. се планирало серийното производство на самолета да започне през 2016 г., но многократно било отлагано и към февруари 2024 г. се планира за периода 2025–2026 г.
